I 1556 blev Filip 2. konge af Spanien. Fra sin far, Karl 5., arvede han blandt andet Flandern og Nederlandene. Han udpegede sin halvsøster Margareta af Parma som statholder i Nederlandene, men han ville selv tage sig af alle vigtige spørgsmål.
Filip 2. var glødende katolik, og det skulle alle hans undersåtter også være. Derfor ville han udrydde calvinismen, som han mente var kætteri. Han satte spaniere til at lede Nederlandene, og i de større byer indsatte han spanske tropper. I hver eneste provins oprettede han desuden en særlig inkvisitionsdomstol. Inkvisitionsdomstolene skulle finde og dømme kættere.
Nederlænderne skulle tvinges tilbage til den katolske tro. Også selv om det betød, at mange mænd, kvinder og børn blev dræbt af inkvisitionens tortur.
I 1566 bad Nederlands adel Margareta af Parma om at stoppe inkvisitionen. Filip 2. sagde blankt nej, men Margareta satte alligevel en stopper for inkvisitionen.
Nu begyndte folk at dyrke den calvinistiske tro. Og de skjulte det ikke. Andre hærgede katolske kirker og klostre og smadrede helgenbilleder og relikvier. For at genoprette ro og orden sendte Filip 2. 10.000 spanske soldater til Nederlandene. Han oprettede også en særlig domstol til at dømme de mennesker, som havde forrådt ham. Resten skulle dømmes som kættere.
Det ville Nederlands adel ikke finde sig i. I 1568 gjorde de oprør. Oprøret blev ledet af adelsmanden Vilhelm af Oranje.
Mange byer blev plyndret af spanske tropper, andre blev belejret. Byen Leyden blev belejret så længe, at indbyggerne begyndte at dø af sult. Vilhelm af Oranje kom dem dog til hjælp. Han ødelagde dæmningerne mod havet, så skibe med forsyninger kunne komme frem til byen. Samtidig drev vandet spanierne væk. De spaniere, som ikke kom væk, blev hugget ned eller skudt.