I 1556 blev Filip 2. kronet til konge af Spanien. I arv fra sin far, Karl 5., fik han blandt andet Flandern og Nederlandene. Han udpegede straks sin halvsøster Margareta af Parma som statholder i Nederlandene. Alle vigtige spørgsmål ville han dog selv tage sig af. Først og fremmest ville han udrydde kætteriet – det vil sige calvinismen. Filip 2. var glødende katolik, og det samme skulle alle hans undersåtter være. For at nå sit mål indsatte han spaniere på de vigtigste poster i Nederlandene og spanske tropper i de større byer. I hver eneste provins oprettede han desuden en særlig inkvisitionsdomstol. Nu skulle nederlænderne tvinges tilbage til den rette tro, og i processen måtte mange mænd, kvinder og børn lade livet under inkvisitionens tortur.
I 1566 bad adelen i Nederlandene Margareta af Parma om at standse inkvisitionen. Selv om Filip 2. sagde blankt nej, satte Margareta alligevel en stopper for inkvisitionens virke. Folk begyndte at dyrke den calvinistiske tro helt åbenlyst. Andre nøjedes ikke med det – de hærgede katolske kirker og klostre, hvor de smadrede helgenbilleder og relikvier. For at genoprette ro og orden sendte Filip 2. 10.000 spanske soldater under ledelse af hertugen af Alba til Nederlandene. Samtidig oprettede kongen en særlig domstol til at dømme de mennesker, som havde forrådt Filip 2. Resten kunne dømmes som kættere.
Den nederlandske adel nægtede at se passivt til, mens Filip 2. tvang landet ind under sit styre. Under ledelse af adelsmanden Vilhelm af Oranje kom det til direkte oprør i 1568. Mange byer blev plyndret af spanske tropper, andre blev belejret. Byen Leyden blev belejret så længe, at indbyggerne begyndte at dø af sult. Vilhelm af Oranje kom dem dog til hjælp på en højst usædvanlig måde. Han sørgede for, at dæmningerne mod havet blev brudt ned, så nederlandske skibe kunne komme frem til byen, samtidig med at spanierne blev drevet væk af vandet. De spaniere, som ikke kom væk, blev hugget ned eller skudt. Og Leydens indbyggere fik friske forsyninger.